细胞自噬主要有三种形式：微自噬(microautophagy)、巨自噬(macroautophagy)和分子伴侣介导的自噬 (Chaperone-mediated autophagy，CMA)。
细胞经诱导或抑制后，需对自噬过程进行观察和检测，常用的策略和技术有：
1、电镜下观察自噬体的形成
2、在荧光显微镜下采用GFP-LC3融合蛋白来示踪自噬发生
3、利用Western Blot检测LC3-II/I比值大小可估计自噬水平的高低。
4、检测长寿蛋白的批量降解（非特异）
5、MDC染色：包括自噬体，所有酸性液泡都被染色，故属于非特异性的。
6、CellTrackerTM Green染色：主要用于双染色，但其能染所有的液泡，故也属于非特异性的。
在研究自噬相关蛋白时，需对其进行定位。由于自噬体与溶酶体、线粒体、内质网、高尔基体关系密切，为了区别，常用到一些示踪蛋白在荧光显微镜下来共定位：
Lamp-2：溶酶体膜蛋白，可用于监测自噬体与溶酶体融合。
LysoTrackerTM 探针：有红或蓝色可选，显示所有酸性液泡。
pDsRed2-mito：载体，转染后表达一个融合蛋白(红色荧光蛋白+线粒体基质定位信号)，可用来检测线粒体被自噬掉的程度(Mitophagy)。
MitoTraker探针：特异性显示活的线粒体，荧光在经过固定后还能保留。
Hsp60：定位与线粒体基质，细胞死亡时不会被释放。
Calreticulin(钙网织蛋白)：内质网腔